El índice de violencia que se registró en estos dos municipios hicieron que el IEE determinara trasladar los paquetes electorales a su sede en la Ciudad de Puebla para determinar ahí al presidente municipal electo, sin embargo tras pasar varias horas analizando el contenido de dichos paquetes se percataron de diversas irregularidades entre las que destaca incumplimiento de sus protocolos al traer material electoral en cajas de cartón, actas con firmas de personas no autorizadas, faltantes de actas y en algunas hasta anotaron casillas que no existen.

En el caso de Venustiano Carranza se detectaron irregularidades en 9 de los 44 paquetes electorales. Se presume que no se cumplió con la cadena de custodia y fueron vulneradas las boletas al registrarse diversos disturbios, la presencia de grupos armados y una balacera que ocasionaron que el material electoral quedara abandonado por varias horas. Según el Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP) quien llevaba la ventaja es Marco Antonio Valencia Ávila, candidato de la coalición PAN-PRI-PRD-PSI y en segundo lugar el edil Ernesto García Rodríguez quien buscaba su reelección por Morena.

En Chignahuapan se detectaron irregularidades en 38 de los 85 paquetes electorales. En el PREP, Juan Lira Maldonado, alias “El Moco”, presunto líder huachicolero y candidato de FxM es quien llevaba la ventaja, sin embargo, trabajadores del Consejo Municipal denunciaron temer por sus vidas y, aunque no dieron detalles se sabe que recibieron amenazas de que quemarían sus casas.

Cabe destacar que esta decisión se toma luego de 2 semanas de la elección y tras declarar concluidos los 25 cómputos supletorios por parte del IEE; esta cifra coloca al estado de Puebla en la entidad con mayor número de cómputos supletorios en el país y también está en cuarto lugar dentro de las entidades con mayor participación ciudadana en las elecciones del 2 de Junio, estando por debajo de Yucatán, Tlaxcala y la Ciudad de México.