Ruiz Rodríguez ha señalado que hay fallas procesales e irregularidades graves pues asegura que el Ministerio Público no acreditó la comisión del delito y que la carpeta de investigación le fue entregada incompleta y con errores, lo que incluso motivó denuncias de su parte por abuso de autoridad y ejercicio indebido de funciones contra funcionarios judiciales y ministeriales destacando que incluso sus abogados renunciaron públicamente al caso denunciando intimidación.

Organizaciones defensoras de la libertad de prensa, como Artículo 19, pidieron frenar lo que consideran un uso arbitrario del sistema penal en contra de Rodolfo Ruiz y otros periodistas en Puebla. Estas agrupaciones sostienen que la reactivación de la causa penal, que originalmente se originó en 2020, coincide con publicaciones críticas sobre presuntas irregularidades en la administración pública estatal y en la propia Fiscalía, lo que incentiva sospechas de acoso judicial y represalias por su labor informativa.

El Gobernador de Puebla, Alejandro Armenta Mier ha negado cualquier persecución política, rechazando que su gobierno tenga injerencia en el proceso judicial y afirma que no busca silenciar a nadie, ello a pesar de que e-Consulta es uno de los medios que más ha criticado su gobierno con distintos artículos de opinión e investigaciones sobre el manejo interno del actual gobierno.

Desde Enero de 2020 existe un expediente judicial abierto contra Rodolfo Ruiz Rodríguez, aunque ese proceso estuvo prácticamente inactivo por casi cinco años hasta que a finales de 2025 fue reactivado por la FGE tras publicaciones críticas del medio sobre temas como posibles irregularidades en la administración pública y el uso de la plataforma “Nódica” para controlar la interacción de funcionarios en redes sociales sobre páginas de gobierno. En la audiencia del 23 de Diciembre, un juez de control lo vinculó formalmente a proceso, lo que significa que el caso seguirá en curso y aunque no fue detenido, sí se le impusieron medidas cautelares como firma mensual obligatoria y la prohibición de salir del país mientras se desarrolla la investigación complementaria, la cual tiene un plazo de 45 días.